A história do Pelourinho se confunde, em muito, com a história da própria cidade de Salvador, que Tomé de Souza, primeiro Governador Geral do Brasil, fundou em 1549, vindo com ordens expressas do rei de Portugal para construir uma "cidade fortaleza".
Feita em caráter de urgência e preocupação, essa medida do Rei de Portugal, D. João III, atendia à necessidade de defesa da nossa terra, constantemente invadida por corsários que vinham retirar, com a ajuda indígena, as riquezas naturais da então colônia portuguesa, principalmente o pau-brasil e a cana de açúcar.
Salvador foi escolhida como sede de governo devido à excelente localização geográfica e estratégica posição econômica, como principal porto de carga e descarga de mercadorias de todo o Nordeste.
Logo que chegou aqui, Tomé de Souza tratou de cumprir as ordens do rei, fundando a cidade cujo nome homenageia Jesus Cristo - o Salvador, no melhor ponto para a construção da "cidade fortaleza", o hoje chamado Pelourinho, local ideal de suas pretensões.
As razões que levaram a escolha do Pelourinho são bastante claras. É a parte mais alta da cidade, em frente ao porto, perto do comércio e naturalmente fortificada pela grande depressão existente que forma uma muralha, de quase noventa metros de altura, por quinze quilômetros de extensão, o que facilitaria a defesa de qualquer ameaça vinda do mar.
Em poucos anos, Tomé de Souza construiu uma série de casarões e sobrados, na parte superior dessa muralha, todas inspiradas, evidentemente, na arquitetura barroca portuguesa e erguidos com mão de obra escrava negra e indígena. Para dar maior proteção à cidade, o Governador Geral limitou o acesso a apenas quatro portões, estes totalmente destruídos durante as tentativas sem sucesso, de dominação da cidade no séc. XVII.
Na verdade, o termo "pelourinho" é o nome dado ao local onde os escravos eram castigados pelos senhores de engenho. O "pelourinho" era construído nos engenhos, afastado da cidade. A fim de demostrar à população sua força e poder, os senhores de engenho resolveram construir um "pelourinho" no centro da cidade, instalando-o no largo central, hoje área localizada em frente a casa de Jorge Amado. A partir daí os escravos eram castigados em praça pública para que todos pudessem assistir tal demonstração de poder. Devido a esse fato o "pelourinho" virou ponto de referência da cidade, dando nome ao antigo centro da cidade, e hoje Centro Histórico de Salvador.
Com o passar dos tempos, o nome Pelourinho se popularizou, tanto na Bahia quanto no Exterior, passando a referir-se a toda a área do conjunto arquitetônico barroco-português compreendida entre o Terreiro de Jesus e a Igreja do Passo.
Durante o séc. XVI e até o início do séc. XX, o Pelourinho foi o bairro da aristocracia soteropolitana, composta de senhores de engenho, políticos, grandes comerciantes e o clero, por isso a forte influência européia na sua arquitetura e o grande número de igrejas num espaço geográfico tão pequeno e, certamente, o mais antigo da cidade.
Foi justamente nessa época que o poder político da cidade concentrava-se nesse local que ainda tem monumentos como a Câmara Municipal, sede da Prefeitura, a Assembléia Legislativa e a sede do Governo do Estado. Porém, hoje em dia, apenas a Câmara e a Prefeitura continuam com suas sedes no Centro Histórico.
Infelizmente, a partir da década de 60, o Pelourinho começou a sofrer um terrível processo de degradação política, social e econômica, pois a cidade sofria um intenso processo de modernização econômica que transformou sensivelmente a sua estrutura ganhando novos centros comerciais e industriais, e novos bairros geográficos.
O Pelourinho foi se tornando um local totalmente abandonando, onde a marginalidade e a prostituição imperavam, junto a monumentos em ruína e desabamentos, ocupados por pessoas exiladas do novo centro da cidade. Esse descaso adiou o reconhecimento do Pelourinho, como patrimônio da humanidade, porém reconhecido pela UNESCO, em 5 de novembro de 1985.